Điệp Viên Học Đường là một câu chuyện đầy cảm xúc của anh chàng điệp viên Jung Hae Seong trong khi đang làm nhiệm vụ mật. Là một điệp viên thực địa xuất sắc của cục tình báo quốc gia nhưng không may trong một lần xảy ra sự cố nên Jung Hae Seong đã bị giáng chức và thay đổi phần nào công việc của mình. Sau đó, Jung Hae Seong được chuyển sang một nhiệm vụ tìm kiểu những thỏi vàng bị mất tích của vị vua Gojong trước đây, và để có thể thực hiện được nhiệm vụ này thì anh đã phải hoạt động trong hình thù của một học sinh trung học tại ngôi trường Byeongmoon nổi tiếng. Tại đó, anh chàng đã gặp gỡ cô giáo chủ nhiệm chuyên về lịch sử Hàn Quốc, một cô giáo rất tận tâm và tình cảm với học sinh của mình, đó là Su A. Khi cô giáo Su A gặp Jung Hae Seong thì bất ngờ những ký ức về mối tình thời thơ ấu của cô lại ùa về, có vẻ khá trùng hợp khi mối tình đó rất giống với anh chàng điệp viên Jung Hae Seong kia.